Самарқанд давлат университетининг тарихи Мирзо Улуғбек мадрасасининг ташкил қилиниши, яъни 1420 йилнинг 21 сентябридан  бошланади. Мадрасада илк бор Мавлоно Муҳаммад Хавофий 100 дан ортиқ тингловчилар олдида Клавдий Птоломей назарияси бўйича илмий маъруза қилган

    Ўша кундан эътиборан Мирзо Улуғбек мадрасасида талабалар диний билимлар билан бир қаторда алгебра (ал-жабр), геометрия (ҳандаса), ҳуқуқ (фиқҳ) ва бошқа фундаментал фанлардан сабоқ ола бошладилар. Мадрасадаги таълим жараёни Аштархоний Абулфайзхон даври, яъни XVIII асрнинг 1-ярмидаги бир неча ўн йилларни қамраб олган муддатни эътиборга олмаганда узлуксиз равишда ХХ асрнинг 20 йилларига қадар давом этди. Ўтган вақт давомида ушбу мадраса ўз даврининг энг илғор, обрўли таълим даргоҳи – мадрасаи олия сифатидаги нуфузини йўқотмади. Мадраса советлар даврида ҳам педагогик кадрлар тайёрлаш соҳасидаги фаолиятини давом эттирди.

    1920 йилдан бошлаб Мирзо Улуғбек мадрасаси мударрислари педагог кадрлар тайёрлаш бўйича қисқа муддатли курсларга жалб қилиниб, уларнинг битирувчилари кейинчалик таълим муассасаларида дарс бера бошлаган эдилар.  Кейинчалик, 1927 йил 22 январда Самарқандда Олий педагогика институти ташкил этилди.

    Педагогика институти Марказий Осиёдаги биринчи олий ўқув юртларидан бири ҳисобланади. Кейинчалик университетга айлантирилган институт педагогик жамоасининг асосини собиқ иттифоқнинг Москва, Ленинград ва Киев шаҳарларидан таклиф этилган профессор-ўқитувчилари билан бир қаторда Улуғбек мадрасасида олий маълумот олган миллий зиёлиларнинг таниқли вакиллари ташкил қилди. Ушбу факт Самарқанд давлат университети Мирзо Улуғбек мадрасасининг бевосита вориси эканлигини тасдиқлайди.

    1930 йилда таълим муассасаси Олий педагогика академиясига айлантирилди. Академиянинг биринчи ректори Карим Абдуллаев (1931-1935). 1933 йилда Педагогика академияси ва Тиббиёт институти негизида Марказий Осиёдаги энг йирик университетлардан бири – Ўзбекистон давлат университети ташкил этилди.

    ХV асрнинг 60 йилларида Мирзо Улуғбек мадрасасида таҳсил олган шоир, файласуф ва давлат арбоби Алишер Навоий таваллудининг 500 йиллиги муносабати билан 1941 йилда Ўзбекистон давлат университетига улуғ алломанинг номи берилди. Худди шу йили Иккинчи Жаҳон уруши бошланиши муносабати билан университет фаолияти вақтинча тўхтатилди.

    1941-1944 йилларда Самарқанд университети вақтинча Тошкент давлат университети билан бирлаштирилди.

    1944 йилда ректор Муса Мўминов ташаббуси ва республика раҳбарияти кўмаги билан университет фаолияти қайта тикланди.

    1961 йилда Ўзбек давлат университетининг номи Алишер Навоий номидаги Самарқанд давлат университети деб ўзгартирилди.

    1992 йилда Садриддин Айний номидаги Самарқанд педагогика институти Самарқанд давлат университети таркибига киритилди.

    1994 йилда Самарқанд давлат университетининг чет тиллари факультети негизида Самарқанд давлат чет тиллар институти ташкил этилди.

    2022 йилда Самарқанд давлат университетига атоқли давлат арбоби Шароф Рашидов номи берилди.

    Турли йилларда университетда таълим олган талабалар орасидан ўнлаб йирик давлат, маданият ва фан арбоблари, ёзувчи ва шоирлар етишиб чиқди. Улардан Шароф Рашидов, Ҳамид Олимжон, Уйғун, Иброҳим Мўминов,  Яҳё Ғуломов, Муҳаммад Асими, Абдулло Ғани, Миртемир, Усмон Носир, Манзура Собирова, Хабиб Юсуфий, Омон Матжон, Нодир Жонузоқ ва бошқаларнинг номлари Ўзбекистон ва жаҳонга танилди.