Universitet olimlari chet el investitsiyalarini jalb qilish orqali ilmiy-tadqiqot ishlarini rivojlantirish, universitet moddiy-texnik bazasini mustahkamlash, ilmiy-tadqiqot ishlari natijalari va tayyor ilmiy ishlanmalarni bevosita xalq xo'jaligiga joriy qilish,, ilmiy mavzularni zamon talabiga asosan qaytadan ko'rib chiqish orqali yiriklashtirish, ilmiy kadrlar miqdori va sifatini oshirish, ularni yoshartirishga erishish muammolari bilan shug'ullanadilar. Universitet professor-o'qituvchi va ilmiy xodimlari jahon fani yutuqlari bilan hamnafas bo'lgan holda rivojlangan ilmiy va madaniy markazlar bilan bevosita hamkorlik asosida ilmiy-tadqiqot ishlarini olib bormoqdalar, bular jumlasiga Bonn, Geydelberg va Bamberg (Germaniya), Kaliforniya (AQSh), Monreal (Kanada), Milan (Italiya), Izmir (Turkiya), Tel-Aviv (Isroil), Poznan(Polsha), Moskva, Sankt-Peterburg, Novosibirsk, Krasnoyarsk (Rossiya), Kiev (Ukraina), Minsk (Belorussiya) universitetlari, Dubna Birlashgan Yadro Tadqiqotlari instituti, Krasnoyarsk Fizika instituti (Rossiya), Ukraina Milliy Akademiyasining Fizika instituti (Kiev) va shu kabilar kiradilar.

Bugungi kunda universitetda qator muammo laboratoriyalari mavjud. Bular: Mikro va makroelementlar muammo laboratoriyasi (akad. Sattorov J.S.), Biometodlar muammo laboratoriyasi (kat.ilm.xodim Isometdinov F.I.), O'simliklarni integratsiyalangan himoyalash usuli muammo laboratoriyasi (dos. Nasrullaev D.N.), Akademik A.K.Otaxo'jayev nomidagi muammo laboratoriyasi (prof. Jumaboyev A.), Kosmik nurlar muammo laboratoriyasi (prof. Maxmu-dob B.M.), Lazer spektroskopiya muammo laboratoriyasi (dots.Tursunov A.T.), Lyuminessensiya va fotokimiyo muammo laboratoriyasi (prof. Nizomov N.N.), Gazlar spektroskopiyasi muammo laboratoriyasi (prof. Axmedjonov R.), Nochiziqli optika muammo laboratoriyasi (prof. Sobirov L.M.), Yadro Fizika muammo laboratoriyasi (dos. Solihboyev U.S.), Kimyo sensorlarni tadqiq muammo laboratoriyasi (prof. Nasimov A.M.), Arxeologik tadqiqotlar muammo laboratoriyasi (prof.Jurakulov M.J.), Sharq qo'lyozmalari va noyob kitoblar muammo laboratiriyasi (O'zR FA akademiyasi Valixo'jayev B.N.), Matnshunoslik va manbashunoslik muammo laboratoriyasi (prof. O'rinboyev B.O'.). Bundan tashqari 30dan ortiq ilmiy laboratoriyalar ham bor. Hozirgi kunda universitet olimlarining nazariy va amaliy matematika, fizika va astronomiya, kimyo va kimyoviy texnologiya, filologiya sohasidagi 14 mavzusi fundamental tadqiqotlar davlat qumitasi dasturiga kiritilgan.

Hozirgi paytda SamDU tarkibida 16 ixtisoslashgan (matematika, informatika va informatsion texnologiya, fizika, ximiya, biologiya, tuproqshunoslik va ekologiya, iqtisodiyot, geografiya, tarix, huquqshunoslik, o'zbek, rus va tojik filologiyalari, pedagogika va boshlang'ich ta'lim, musiqa va estetik tarbiya, jismoniy madaniyat) hamda pedagogik kadrlarni qayta tayyorlash va malakasini oshirish fakultetlari, chet tillarni va ijtimoiy-gumanitar fanlarini o'qish hamda xalqaro aloqalar markazlari, akademik litsey, gimnaziya va biznes maktablari, o'quv va muammoviy ilmiy tadqiqot laboratoriyalari, zamonaviy axborot va kompyuter markazlari, INTERNET aloqa tarmog'i, A. Navoi "Arxeologiya", "Zoologiya" va "SamDU tarixiy muzeylari, "Oranjeriya" va "Botanika" bog'i hamda 3 million fondli "Ilmiy kutubxona", yotoqxonalar, dam olish va davolanish maskanlari, sport komplekslar mavjud.

1996 yildan universitet qoshida akademik litseyga 9 sinf bitirgan yoshlar test sinovlari asosida qabul qilinadi. Akademik liseyda o'quvchilarning qiziqishi va iqtidoriga qarab, davlat standarti asosida ijtimoiy - gumanitar, fizika- matematika va iqtisodiyot yo'nalishlari bo'yicha chuqurlashtirilgan ta'lim beriladi. Akademik litseyga 9sinfni a'lo baholarga tugatgan, test- imtihonlaridan muvaffaqiyatli o'tgan iqtidorli o'quvchilar tanlov asosida qabul qilinadi. Akademik litsey o'quvchilari 3 yil davomida tanlangan yo'nalish bo'yicha ta'lim oladi va oliy o'quv yurtlariga kirishga tayyorlanadi. Bitiruvchilarga yetuklik attestati beriladi.

1997 yilda universitet qoshida maxsus gimnaziya tashkil etildi. 1998 yilda gimnaziya faoliyati matematika, ingliz tili, informatika chuqur bilimlar berish, yoshlarning ma'naviy va intellektual qobiliyatlarini shakllantirish va tarbiyalashga yo'naltirilgan.Gimnaziyaga 5 sinfni bitirgan o'quvchilar tanlov asosida qabul qilinadi va bitiruvchilarga etuklik attestati beriladi.

1996 yil SamDU qoshida Biznes maktab tarkib topdi. Biznes maktabida bir va yillik muddatda 4 yo'nalishdagi ixtisoslik bo'yicha mutaxassislar tayorlanadi. Bitiruvchilar tasdiqlangan muddatda 4 yo'nalish bo'yicha mutaxassislar tayyorlanadi. Bitiruvchilar tasdiqlangan namunadagi diplom beriladi.

SamDU qoshida mintaqaviy malaka oshirish va qayta tayyorlash markazi faoliyat ko'rsatmoqda. Unda universitet professor- o'qituvchilari bilan bir qatorda Buxoro, Jizzax, Navoiy, Samarqand va boshqa viloyatlarda joylashgan oliy o'quv yurtlarning, shuningdek, akademik litseylar, kasb- hunar kollejlari umumta'lim fanlari o'qituvchilari malaka oshiradilar va qayta tayyorlashdan o'tadilar.

SamDU o'zining "Tilshunoslik" (asoschilari prof. U. Tursunov, L.I.Royzenzon, Y.Y. Avaliani), "Adabiyotshunoslik" (asoschilari prof akademik S. Ayni, Y. Zundelovich, V. Abdullayev, falsafa (asoschisi prof. I. Mo'minov), "Jahon tarixi va arxeologiya" (asoschilari prof. D. Lev, prof. M Jo'raqulov, "Algebra va sonlar nazariyasi" (asoschilari prof. N. Romanov, prof. X. Narzullayev), "Matematik tahlil va differensial tenglamalar" (asoschilari prof. I. Kukles, prof. SH. Yormuhamedov), "Yadro va kosmik nurlar fizkasi" (asoschisi prof. M .Mo'minov)' "Molekulyar optika" (asoschisi akad. A. Otaxo'jayev), "Analitik organik ximiya" (prof. Y. Kurbanov), "O"simliklar va Hayvonot fiziologiyasi hamda zoologiyasi (asoschilari prof. I. Protasov, prof. A. Sagitov, prof) kabi nufuzli ilmiy maktablari bilan jahon ilmiy jamostchiligi orasida alohida mavqega egadir.

Samarqand Davlat universiteti olimlari TASIS, TEMPUS, EVROOSIYO xalqaro dasturlari asosida Hamkorlikda fundamental va amaliy xarakterdagi ilmiy tadqiqot hamda rivojlangan mamlakatlarning (Fransiya, Germaniya, Italiya, AQSH, Yaponiya, Isroil, va h. K.) ilmiy va madaniy markazlari bilan mustahkam munosabatlar o'rnatish, intelektual aloqalarni yaxshi yo'lga qo'yish bo'yicha samarali ishlar olib borilmoqa. "Ustoz" va "Umid" jamg'armalari orqali ko'plab olimlarimiz va iqtidorli talabalarimiz AQSH, Angliya, Yaponiya va Germaniyaning ilmiy va o'quv markazlarida bakalavriyat va magistraturalarda tahsil olmoqdalar hamda stajirovka o'tamoqdalar.